לאחר ביצוע ניהול ספירת מלאי, המלאי במחסן ובמערכות המחשוב מתאים. ניהול תקין של המלאי יעזור לארגון, לרכוש מלאים בהתאם לצורך, לעקוב אחר תנועות מלאי במחסן ולמנוע גניבות.
טיפול ביתרות מינוס ברמה היומית. יתרת מינוס נוצרת כאשר מוכרים מוצר לפני הדיווח כניסה למלאי בתהליך הייצור. יש לבצע בקרות מדגמיות- ביצוע ספירות מלאי קטנות ומדגמיות, ובדיקת פערים בין המלאי בפועל לבין המלאי הרשום במחשב, במידה ויש פערים לדרוש הסברים. בדיקת גיול מלאי- יש להשתמש במלאי ישן ושאינו נמכר. רצוי או להחזירו לספק או למכור אותו במבצע או כל דרך אחרת על פי נהלי וצרכי העסק. ביצוע בקרות ניהול מלאי והקפדה על כך מעבירה לעובדים מסר של פיקוח ואחריות וניהול מלאי תקין.