התפקיד התפעולי במחסן הינו ליישם את המדיניות שקבעה ההנהלה ולדאוג לאספקת המוצרים ללקוח בזמן בהתייחס למועדי האספקה שהוגדרו בהזמנה, בעלות כוללת נמוכה ככל שניתן עם מינימום תקלות, תוך ניצול אפקטיבי ויעיל של משאבי הארגון.
בתפעול המחסן קיימת התייחסות לניהול החומרי גלם והשירותים הנלווים להם:
אספקת חומרי גלם, אנרגיה, מוצרים בתהליך, הובלה, שינוע, אחסון, חלוקה והפצה, אחזקת חומרי גלם ומוצרים מוגמרים, כוח אדם שנדרש לביצוע המשימות הללו, בזמן ובעלות המתאימים ביותר.
תפעול המחסן בארגון כולל את תכנון המלאי, הרכש, הייצור ומלאי המוצרים במחסן.