על אף יתרונותיה הרבים, חשוב לציין כי הטמעת מערכת ERP היא מהלך מורכב הדורש דיוק והקפדה על כל פרט, כמו גם שינוי והסבה של כל ממשקי הארגון לממשק היחיד הספציפי הזה. מערכות ERP לא יכולות לתפקד באופן יעיל וזורם במידה וישנן הפרעות כלשהן, כגון אי הבנה בצרכי הארגון, נסיון לתיאום עם מערכות חיצוניות או התאמות לא נכונות בתוך התוכנה. אחד הדברים החשובים ביותר בתהליך הטמעת מערכת ERP הוא הבנת צרכי הלקוח – הן ההנהלה והן העובדים בחברה והתאמה של המערכת לצרכים אלו. כמו כן, בעת הטמעת מערכת ERP יש לקבוע יעדים ברורים לשילוב המערכת בארגון, תוך כדי שימת דגש על כל יחידה ומחלקה והצרכים הנפרדים שלה. בדיוק משום כך, מקפידים באתגר סופט על כל שלב בתהליך ההטמעה.